Sería esta Orden quien ayudaría a Hugo de Paynsse, y a los otros ocho caballeros, en la fundación e impulsión de la Orden de los Pobres Caballeros de Cristo y del Templo de Salomón.

La Orden de Sión tendría en la época de su fundación un poder considerable eso sí, siempre entre bastidores; incluso, los reyes de la Ciudad Santa debían su trono a esta enigmática sociedad. Así pues, ellos serían los verdaderos artífices de la extraordinaria progresión que experimentaron los Templarios en los años siguientes, obedeciendo todo ello a un plan previamente establecido.
Al menos cinco de los nueve fundadores del Temple pertenecían a su vez a la Orden de Sión; en principio, los Templarios eran el brazo armado de la Orden de Sión e incluso, en algunas ramas, ambas órdenes eran una sola, puesto que llegaban a compartir al mismo Maestre.

Esta situación de confraternidad se prolongó durante sesenta años, hasta que en 1188, un año después de la caída de Jerusalén en manos musulmanas, se produjo un cisma entre las dos Órdenes que causo su separación definitiva. La Orden de Sión culpaba en gran parte a los Templarios de la pérdida de Tierra Santa, y más concretamente su Maestre Gérard de Ridefort, a los que ciertos documentos acusan de traición. Éste arrastró a los Templarios a combatir en la batalla de los Cuernos de Hattin, lo que supuso un auténtico desastre para los cruzados, propiciando la caída de Jerusalén.

La Orden de Sión se trasladó a Francia, abandonando a los Templarios a su suerte, sus pupilos y protegidos hasta la fecha. La ruptura de relaciones se simbolizó mediante la Tala de un Olmo de ochocientos años, en la ciudad de Gisors.

Hay tradiciones que dicen que María Magdalena llegó a las a las Galias escoltada por José de Arimatea y portando el Santo Grial. Según el propio Priorato, María Magdalena había sido la esposa de Jesús, y cuando viajó lo hizo embarazada o acompañada de su progenie. Aquí el término "Santo Grial" debe comprenderse en el sentido de Santa Sangre, es decir, como la descendencia física de Jesús, que se trasladó a las Galias y se continuó allí.

Una vez en la actual Francia, este linaje judío se unió matrimonialmente con el de los reyes francos, dando lugar a los merovingios. Alrededor del año 500 d.c., con el bautismo y conversión del rey Clodoveo, la Iglesia Romana se instauró como suprema autoridad espiritual de Occidente. Se podría decir que fue un pacto entre Roma y los merovingios, originando una alianza que debería engendrar un nuevo sacro imperio romano. Pero parece que la lealtad de los francos a la Iglesia no era muy intensa, ya que los merovingios seguían manteniendo simpatías por la religión arriana que practicaban antes de su conversión al cristianismo. Doscientos años después, el rey merovingio Dagoberto II fue asesinado junto con su familia por encargo de su propio mayordomo de palacio, Pipino de Heristal. La Iglesia, viendo peligrar su hegemonía, habría apoyado la conspiración. Con la muerte de Dagoberto y sus descendientes la dinastía merovingia llegó a su fin, y comenzó la de los mayordomos de palacio: los carolingios, que contaban con el apoyo eclesiástico. Éstos, que eran a fin de cuentas unos usurpadores, trataron de legitimarse casándose con princesas merovingias y continuaron con su reinado. Con Carlomagno llegaron a abarcar un imperio que se extendía por la totalidad de la Europa occidental y lo gobernaban al servicio de Roma.
Pero según afirma el Priorato de Sión, los merovingios, la estirpe de Jesús, sobrevivió a través de un hijo de Dagoberto que se habría salvado del asesinato de su familia, Sigisberto IV, que entre sus descendientes estaría posteriormente, Godofredo de Bouillon.
Godofredo pues, para proteger el secreto de su linaje sagrado creó la Orden de Sión y ésta, junto al propio primo de Godofredo, Balduino II, a su brazo armado, la Orden del Temple.
Convirtiéndose estos últimos en los guardianes del Santo Grial, guardianes de la sangre de Cristo, guardianes de la estirpe de Jesús.